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C'est l'heure du quiz : que sont les distributions Linux scientifiques ?
La réponse est assez évidente : alors que la plupart des distributions Linux sont à usage général, certaines spécialisées sont livrées avec certains types de logiciels. Par exemple, il existe des distributions media center, celles qui transforment votre ordinateur en studio de production multimédia, et même quelques distributions religieuses. Sachant cela, cela ne devrait pas vous surprendre qu'il existe des distributions Linux scientifiques. Après tout, l'histoire de Linux a commencé dans les laboratoires de recherche, et aujourd'hui, Linux alimente les serveurs et les postes de travail des plus grandes organisations de recherche au monde.
En termes simples, les distributions scientifiques proposent des logiciels préinstallés à diverses fins de recherche. Bien sûr, vous pouvez transformer votre Ubuntu habituelle en une distribution scientifique en installant ces mêmes applications, mais le but de telles distributions est d'éviter de rechercher des applications individuelles. Au lieu de cela, ils fournissent un moyen rapide de déployer Linux dans les installations de recherche, les établissements d'enseignement et sur les ordinateurs personnels des étudiants et des utilisateurs curieux de science. Si vous faites partie de ces derniers, voici cinq grandes distributions scientifiques à considérer.
1. Bio-Linux
Cette distribution de couleur verte s'adresse aux scientifiques qui travaillent en bioinformatique, un domaine interdisciplinaire qui combine la biologie moléculaire et la génétique avec des statistiques et des méthodes d'analyse de l'informatique. Développé au Environmental Omics Synthesis Center au Royaume-Uni, Bio-Linux est soutenu et financé par le Centre for Ecology & Hydrology (CEH) et le Natural Environment Research Council (NERC).
Il s'agit d'une distribution basée sur Ubuntu disponible pour les systèmes 64 bits uniquement, et elle offre deux environnements de bureau : Unity par défaut et MATE comme alternative légère. La dernière version (8.0.5) garantit un support à long terme grâce à son noyau Ubuntu 14.04. Bio-Linux 8 contient littéralement des centaines d'outils bioinformatiques, à la fois en ligne de commande et graphiques. Pour vous aider à démarrer, Bio-Linux propose un guide PDF .
Points forts du logiciel : Artemis, une application de visualisation et d'annotation de séquences d'ADN ; Galaxy, une plateforme de recherche biomédicale basée sur un navigateur ; Fasta, pour rechercher des bases de données d'ADN et de protéines ; Mesquite, pour la biologie évolutive ; njplot, pour dessiner des arbres phylogénétiques, et Rasmol, pour visualiser des macromolécules. Si vous souhaitez installer des packages de Bio-Linux sur votre système basé sur Ubuntu, vous pouvez simplement ajouter leurs référentiels .
Bio-Linux est disponible gratuitement en tant qu'image Live et en tant que fichier OVA au cas où vous voudriez l'exécuter dans VirtualBox.
Alternative: BioSLAX, une distribution scientifique basée sur Slackware axée sur la bioinformatique et développée à l'Université nationale de Singapour.
2. Poséidon Linux
Comme Bio-Linux, Poseidon Linux a également une palette de couleurs : des tons bleus doux qui correspondent à son nom marin. L'image de marque a été inspirée par les océanologues qui travaillent sur le projet, mais Poseidon Linux n'est pas pour une seule branche de la science. Au lieu de cela, il offre une large gamme d'outils, de la visualisation 2D et 3D, de la génétique et des applications de programmation à la prise en charge des statistiques, de la modélisation numérique et de la cartographie.
Poseidon Linux est le résultat d'une coopération transatlantique entre l'Université fédérale de Rio Grande au Brésil et l'Institut MARUM en Allemagne. La version stable actuelle (4.0) est à la traîne, car elle est basée sur Ubuntu 10.04. Cependant, Poseidon 5.0 est en cours de développement et promet une prise en charge à long terme (en s'appuyant sur Ubuntu 12.04) et Unity comme environnement de bureau par défaut - une mise à niveau bienvenue de l'ancien GNOME 2.30 fourni avec Poseidon 4.0.
Points forts du logiciel : Lab Plot, pour la création de graphiques interactifs et l'analyse de données ; QCAD, pour le dessin 2D ; Blender, pour la modélisation 3D, et QGIS, un système d'information géographique complet.
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Vous pouvez télécharger Poséidon Linux gratuitement dans les éditions 32 et 64 bits.
Alternative: Si vous n'avez besoin que d'outils de géographie et de cartographie, essayez OSGéo , un produit basé sur Lubuntu de l'Open Source Geospatial Foundation.
3. CAElinux [N'est plus disponible]
L'indice est dans le nom : CAE signifie Computer-Aided Engineering, et cette distribution scientifique est parfaite pour tous ceux qui travaillent avec la CAO, la modélisation, le prototypage, l'impression 3D et les simulations physiques. Développé en Suisse, CAElinux est basé sur Xubuntu 12.04 et nécessite un système 64 bits. Il n'offre aucune saveur de bureau en dehors de Xfce, mais sa sélection de logiciels est impressionnante.
Points forts du logiciel : Salomé, pour la CAO 3D et le maillage ; GMSH, pour la modélisation géométrique ; Scilab, pour la programmation mathématique ; Paraview, pour la visualisation 3D ; ImageJ, pour le traitement et l'analyse d'images, et Elmer, pour les modèles physiques complexes.
CAElinux est disponible gratuitement sous forme d'image DVD Live, ou vous pouvez en commander une copie physique à un prix abordable.
Alternative: Si vous n'avez pas besoin de tous les logiciels d'ingénierie avancés et que vous voulez juste des outils de modélisation et d'animation 3D, essayez ArtistX, que nous avons couvert en détail.
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Quatre. Linux scientifique
Après toutes ces distributions basées sur *buntu, Scientific Linux est un véritable briseur de combo : c'est une reconstruction de Red Hat Enterprise Linux. La dernière version (7.1, nom de code Nitrogen) est sortie récemment, en trois versions - KDE, GNOME et IceWM - pour les systèmes 64 bits uniquement. Cependant, sa base n'est pas la seule chose qui distingue Scientific Linux. Contrairement à d'autres distributions qui regorgent de logiciels scientifiques, Scientific Linux n'offre qu'un ensemble d'applications de base. Quelle distribution sournoise et trompeuse !
Eh bien pas vraiment. Scientific Linux est en fait développé par des scientifiques du Laboratoire national de l'accélérateur Fermi et de l'Organisation européenne pour la recherche nucléaire (CERN). Bien qu'il n'offre pas beaucoup d'applications scientifiques par défaut, il en existe des dizaines facilement disponibles dans les référentiels. Avec des codecs et une prise en charge sans fil prêts à l'emploi, Scientific Linux est un excellent choix pour un environnement scientifique dans lequel tout devrait fonctionner sans trop de bricolage. Les utilisateurs peuvent installer uniquement les logiciels dont ils ont besoin, afin que leur système ne soit pas encombré d'applications qu'ils n'ouvriront même jamais.
Points forts du logiciel : PostgreSQL et MySQL, pour les bases de données et le développement d'applications ; éditeur de texte GNU Emacs ; langage de programmation R ; Frysk, pour l'analyse et la surveillance du système, et gnuplot, pour tracer des expressions mathématiques. (Notez que certaines de ces applications ne seront pas installées par défaut, mais vous pouvez les récupérer à partir des référentiels.)
Scientific Linux peut être téléchargé en tant que Image DVD en direct .
Alternative: Les développeurs de Scientific Linux encouragent la création de « spins » ou de builds basés sur leur projet. Une telle distribution est Fermi Linux ; une bonne option axée sur la sécurité pour ceux qui souhaitent exécuter Scientific Linux sur un système 32 bits.
5. Fedora Scientifique
Cette version de Fedora représente le juste milieu entre une distribution Linux hautement spécialisée et une distribution Linux ordinaire. En tant que tel, il est idéal pour les chercheurs et les étudiants de tous horizons scientifiques, bien qu'il penche légèrement en faveur de la recherche numérique. L'environnement de bureau par défaut est KDE et Fedora Scientific est disponible pour les architectures 32 bits et 64 bits. Il est développé par Amit Saha avec le soutien de Fedora Science and Technology SIG. Beau documentation en ligne vous présentera Fedora Scientific et vous guidera dans sa sélection de logiciels.
Points forts du logiciel : Maxima, une suite d'algèbre complète ; LaTeX, pour créer des documents et des présentations ; Mayavi, pour la visualisation de données 3D, et le trio de contrôle de version : git, Mercurial et Subversion.
Vous pouvez télécharger Fedora Scientific Live DVD soit par téléchargement direct, soit sous forme de torrent.
Alternative: Si vous recherchez une distribution scientifique conviviale axée sur les mathématiques, Mathbuntu est un bon remplacement pour Fedora Scientific. Il est disponible sous forme de distribution autonome ou sous forme d'ensemble de packages pour votre installation Ubuntu actuelle.
Quel que soit le domaine scientifique qui vous intéresse, vous devriez être en mesure de choisir une distribution appropriée dans cette liste. Maintenant, revenons à ce quiz pop— quelle est votre distribution Linux scientifique préférée ? Pouvez-vous nommer d'autres distributions similaires qui méritent une place sur cette liste ? Faites vos devoirs et partagez vos recommandations dans les commentaires.
Crédits image : L'image sélectionnée , Mur de surveillance basé sur Nagios dans le NOC via Flickr par Docklandsboy , Capture d'écran de Poséidon , capture d'écran CAElinux, Linux scientifique via Wikimedia Commons , Capture d'écran de Fedora Scientific.
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Ivana Isadora est une rédactrice et traductrice indépendante, une amoureuse de Linux et une fangirl de KDE. Elle soutient et promeut les logiciels libres et open source, et elle est toujours à la recherche d'applications fraîches et innovantes. Découvrez comment entrer en contact ici .
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